Es el propio director artístico del Encuentro, el director de orquesta Péter Csaba, quien elige a cada uno de los participantes mediante audiciones celebradas en las más prestigiosas escuelas de Europa. En Santander, alrededor de sesenta de estos jóvenes trabajan por la mañana con los profesores en clases magistrales y ensayos, para después compartir con ellos el escenario por la tarde en una serie de conciertos muy especiales, donde la experiencia de unos y la energía de otros se combinan para producir una música de extraordinaria intensidad. El Encuentro costea los gastos de viaje y estancia de los participantes, quienes reciben, además, una ayuda artística por sus actuaciones en los conciertos.
El Encuentro es un proyecto que promueven conjuntamente el Gobierno de Cantabria y la Fundación Albéniz, bajo la organización de la Escuela Superior de Música Reina Sofía y con la colaboración del Ayuntamiento de Santander. Su origen se remonta a 2001, año en que la Fundación lo propuso como un modo de llenar con música de excelencia el hueco que la vida musical cántabra presentaba en el mes de julio, justo antes del Festival Internacional de Santander que tendría lugar en agosto.
Desde sus inicios, y gracias a un novedoso e imaginativo programa, el evento ha obtenido la calurosa acogida no solo del público de Santander, sino también del de toda Cantabria. En algunas ediciones, el Encuentro dispone de un compositor residente que presenta personalmente sus composiciones tanto a los participantes como al público. Grandes nombres de la composición internacional, como John Corigliano, Sofia Gubaidulina, Luis de Pablo, Krzysztof Penderecki y Péter Eötvös, han sido compositores residentes del Encuentro. Además, los dos últimos incluso han hecho doblete, y a su trabajo como compositores/directores han sumado la dirección del concierto inaugural.
El programa académico del Encuentro tiene lugar en las aulas del Conservatorio Jesús de Monasterio de Santander, donde una quincena de maestros invitados, todos ellos figuras de gran prestigio internacional, trabajan codo con codo junto a los alumnos en lecciones magistrales y ensayos. El Encuentro pone mucho énfasis en el valor formativo de la música como obra conjunta, ya sea en grupos de cámara o en formaciones orquestales. Así pues, aparte de dar clases de instrumento, los maestros coordinan el trabajo camerístico de los grupos de participantes, entre los cuales se integran como si fuesen uno más.
El resultado del trabajo en las aulas se traslada luego a un ciclo de conciertos donde profesores y alumnos comparten escenario. El programa de conciertos se desarrolla durante todo el mes de julio en la ciudad de Santander —en las salas Argenta y Pereda del Palacio de Festivales y en el Palacio de la Magdalena—, así como en diversos espacios distribuidos en unas veinte localidades de Cantabria: desde iglesias hasta auditorios, teatros y centros culturales.
Además de acoger conciertos de solistas, los diferentes escenarios de la región proporcionan un espacio a las formaciones de cámara y orquestales surgidas en la Academia. De este modo, el público puede disfrutar de un repertorio musical variado y amplio que la propia dirección artística del Encuentro se encarga de seleccionar. Tradicionalmente, el Encuentro comienza con un proyecto de orquesta sinfónica e incluye después diversos programas de orquesta de cámara.
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